原詞は４番まであったのが、手違いで３番と４番の歌詞がいっしょにされて短くなり、３番の歌詞として伝わっているとのこと。
たしかに歌詞の意味がわかりにくいですね。だから、３番は歌われなくなったのだと思います。
http://katznoblog.at.webry.info/200706/article_1.html

3番まで歌詞があることを私もはじめてきのう知りました。他の人がカラオケで歌っているのを聞いたのですが、「病みしわれも、いまは癒えて・・・」で始まっていて決して変な歌詞ではなかったと記憶してます。
全部覚えていないのでぜひ知りたいのですが、歌子姫さんか、おじさん動揺歌手さんお願いします、コメント欄に発表してみんなに教えてください！！

横から失礼します。
３番の歌詞は
　はやちたちまち波を吹き　赤裳の裾ぞぬれひじし
　病みし我は既に癒えて　浜の真砂まなご今は
です。私は声楽を勉強していますが、私が歌っている３番はこのような歌詞でしたよ。

昨年４月に投稿させて戴いた者です。青柳順子様、有難う御座います。又、「浜辺の歌三番」様、月白様、是非、私のコメントも読んで戴きたく、投稿致します。
　実は、私の著書「一度だけの『浜辺の歌』」には続編がありまして、「それからの土」というのですが、この「あとがき」に書きました内容を抜粋してお目にかけたく思います。ご参考になさって戴けたら幸いです。
・・・この作品は、前作「一度だけの『浜辺の歌』」の続編として書いたものである。（中略）
前作を含めた二つの物語は、もう一つの主題を持っている。私は、かねてより「浜辺の歌」に強い憧憬を抱いていて、いつかはこの歌をモチーフにした作品を書きたいと思っていた。歌詞の意味するところを研究し、遠大な、二つからなる小説の梗概を立案した。一人男性主人公を設定し、その人生を大きく二つに分け、浜辺の歌と結び付けた物語を描いた。一作目の「一度だけの・・・」では若き日の純愛群像を描く中で、浜辺に寄せる波を「愛」貝を「待ち人」として、一番の歌詞に籠めて書いた。二つ目の本作では、貫かれた夫婦愛という形をとって、人間本来の「愛」の尊さを、やはり浜辺の歌の二番、三番の歌詞に籠めて書いた（三番の歌詞は現在歌われず、一般にもあまり知られていない）。ここでは、私がこの物語を書く上で、それぞれの歌詞になぞらえた私なりの思いを書きとめておきたい。
（二番）ゆうべ　はまべを　もとおれば
　　　　むかしの　ひとぞ　しのばるる
　　　　よするなみよ　　　かえすなみよ
　　　　つきのいろも　　　ほしのかげも

　こうして晩年に近づくまで共に暮らした夫婦なのに、私（勘次＝＊主人公の名）は、亡くした恋人を偲んでは心を乱してしまった事がある。罪な事だと分かっているのに、妻の姿の蔭に見え隠れする面影は、寄せては返す波のように現れ、心は、追憶を求めてさまよってしまった。

（三番）疾風たちまち　　波を吹き
　　　　赤裳の裾ぞ　　　濡れひじし
　　　　病みし我は　　　すでに癒えて
　　　　浜の真砂　　　　愛子今は

　激しい「運命」変転に、私（真由美＝＊主人公の妻）は翻弄され、格好だけの、意気込みだけの「野良姿」は、濡れそぼるほどに苛まれてしまった。病んだ私はあなたの愛によって救われた。今は、あなたと歩んで来た人生のすべてが、わが子供のように、ただただいとおしい。・・・後略・・・

　「一度だけの『浜辺の歌』」も「それからの土」も全国の書店に流通しておりますので、ご興味がありましたら是非お読み下さい。ご希望があれば、私の手持ち分にサインをしてお送りする事も出来ます。長々と済みませんでした。稲子　次郎

確かな情報ではありませんので、参考までに・・・
私は先日、学校の音楽の授業でこの曲を習いましたところ、教科書にも二番までしか載っておりませんでした。
先生のおっしゃることによりますと、この曲は、我が子を失った古渓の悲しみの歌であり、三番にはとくにその情景が現れているということで中学生には、二番まででよく、三番は非常に不適切だという、勝手な配慮があり、教科書には二番までしか載らなかったのだ。とおっしゃっていました。
しかし、三番にこそこの歌の本来の趣旨があり、三番なくしてはこの曲は完成といえないと、憤慨しておられました。
先生のおっしゃっていたことを、私の記憶を頼りに書いておりますので、確証はございませんが、こういうエピソードがあったそうです。

小学校のとき習ったのですが、3番はハンセン病を歌ったもので、差別的な意味があるので歌われなくなったと聞きました。

小さなピアノ発表会で弾きます。

林古渓自筆の書き込みのある楽譜（昭和13年第13版・セノオ音楽出版社）によると、三番は、
はやちたちまち波を吹き、赤裳のすそのぬれもひぢし。
やみし我はすでにいえて、濱邊の真砂（まなご　と読む）まなごいまは。
となっているそうです。

今、学校で歌ってます！！少しリズムがむずかしいけど作曲者などの、気持ちを考えながら勉強してます。

たしか読売新聞に、この曲の作者は芸大の学生で、同じ学校の女学生に恋していた。しかし、女性は親の薦める人と結婚をしてしまい、悲しみをこらかねて、この歌を作ったとの記事がありました。失恋した彼は、作曲を自らおこない、歌詞は頼んだそうです。歌詞は次のように読み取ることができるでしょう。失恋して夕方の浜辺をもとおる（徘徊）と、昔のこと、かつての恋人のことが、思い出される。寄せる波も、返す波も、雲のさまも、貝の色も、月の色も、星の影も、すべてが昔の恋人を思い出させる。あの時、はやち（突風）のように、恋人を奪われ、彼女の赤い裳裾は、ぐっしょりと濡れてしまった。その失恋の痛手から、なんとか立ち治った私ではあるが、あなたを忘れられない。浜辺の真砂のような美しい恋人よ、まさご・まなご・愛子・私の恋人よ、今はどうしているのですか。